北部湾港钦州码头有限公司前身为钦州市港口（集团）有限责任公司（以下简称“钦州码头公司”），成立于2004年10月，是北部湾港股份有限公司全资子公司，主要从事码头运营管理。按照北部湾港集装箱“一轴两翼”战略发展布局，现已与中国远洋海运集团有限公司、新加坡PSA国际港务集团有限公司分别合资成立集装箱公司，致力打造北部湾港“千万标箱”干线港建设，积极服务西部陆海新通道，助力中国（广西）自由贸易试验区建设。

钦州码头公司现管理泊位22个，万吨级以上泊位20个，其中30万吨级原油泊位1个（在建）、10万吨级集装箱泊位6个、10万吨级通用泊位2个、10万吨级原油泊位2个（正在改造为10万吨级通用散杂货泊位）。现有广西钦州国际集装箱码头有限公司、广西北部湾国际集装箱码头有限公司两家合资集装箱公司，以及勒沟作业区、大榄坪第一作业区两个大宗散杂货作业区。

为深化北部湾港集装箱码头建设运营合作，更好地融入国家“一带一路”战略，助力西部陆海新通道和中国（广西）自由贸易试验区建设，由北部湾港务集团旗下北部湾港股份有限公司、中远海运集团旗下中海码头发展有限公司、新加坡港务集团旗下PSA广西私人有限公司、成都交通投资集团有限公司、重庆国际物流枢纽园区建设有限责任公司以股权整合方式，将现有两家合资集装箱公司组建成为广西新通道国际集装箱码头有限公司。

根据发展规划，北部湾港钦州港域计划改造、新建4个自动化集装箱泊位，其中大榄坪南作业区7#-8#泊位计划由通用泊位改造成为10万吨级自动化集装箱泊位，大榄坪南作业区9#-10#泊位计划按照10万吨级自动化集装箱泊位建设。码头后方配套的钦州铁路集装箱中心站分2期建设，其中一期已于2019年6月30日建成投入运营，包括港东站作业场以及港区作业场，其中港东站作业场共7条到发线、1条货运线，港区作业场共4条货物线，年集装箱装卸能力105万标箱。 

截至目前北部湾港已开通集装箱航线52条（外贸28条、内贸24条），其中挂靠钦州港46条（外贸23条、内贸23条），航线已基本覆盖国内沿海、东南亚及东北亚主要港口，其中香港和新加坡为常态化对开班轮，已开通至越南、柬埔寨、泰国、马来西亚、新加坡、印度尼西亚、韩国、日本等国家主要港口的直航，远洋航线已开通至南非及南美东。

2019年钦州码头公司完成货物吞吐量8513.54万吨，同比增长28.05%，其中集装箱完成301.60万标箱，同比增长29.75%.